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Lohnabrechnungssoftware für kleine Betriebe: Worauf achten

Von Christian Costa · Aktualisiert am 18.10.2026

Lohnabrechnung: Software, Portal oder Steuerberatung?

Als kleiner Arbeitgeber müssen Sie Entgelte korrekt berechnen, Lohnsteuer und Sozialversicherung melden und Unterlagen aufbewahren. Lohnabrechnungssoftware kann diese Schritte bündeln – ist aber nicht die einzige Option. Im Themenbereich Lohn finden Sie Meldeportale und Minijob-Leitfäden; hier geht es um Pflichten und Auswahlkriterien.

Was eine Lohnabrechnung leisten muss

Unabhängig vom Werkzeug erwarten Finanzverwaltung und Sozialversicherungsträger ein stimmiges Gesamtbild:

Lohnkonto und Aufbewahrung

Nach § 41 Abs. 1 Satz 9 Einkommensteuergesetz (EStG) ist das Lohnkonto bis zum Ablauf des sechsten Kalenderjahres, das auf die zuletzt eingetragene Lohnzahlung folgt, aufzubewahren. Software sollte Lohnkonten je Beschäftigten führen und Exporte für Prüfungen ermöglichen.

ELStAM

Bei Eintritt teilt der Arbeitnehmer dem Arbeitgeber seine Identifikationsnummer und sein Geburtsdatum mit und gibt an, ob es sich um das erste oder ein weiteres Dienstverhältnis handelt. Der Arbeitgeber ruft die elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale (ELStAM) beim Bundeszentralamt für Steuern per Datenfernübertragung ab (§ 39e Abs. 4 EStG) und übernimmt sie ins Lohnkonto. Beim Ausscheiden ist der Tag der Beendigung unverzüglich dem Bundeszentralamt für Steuern mitzuteilen.

Lohnsteuer-Anmeldung

Die Lohnsteuer-Anmeldung nach § 41a EStG ist spätestens am 10. Tag nach Ablauf des Anmeldungszeitraums elektronisch abzugeben (Papier nur bei unbilliger Härte auf Antrag). Anmeldungszeitraum ist grundsätzlich der Kalendermonat. Betrug die abzuführende Lohnsteuer im Vorjahr mehr als 1.080 Euro, aber nicht mehr als 5.000 Euro, ist es das Kalendervierteljahr; betrug sie nicht mehr als 1.080 Euro, ist es das Kalenderjahr (§ 41a Abs. 2 EStG).

Bestand die Betriebsstätte nur während eines Teils des Vorjahres, wird die Lohnsteuer des Vorjahres auf einen Jahresbetrag umgerechnet (§ 41a Abs. 2 Satz 3 EStG). Bei einer neuen Betriebsstätte ist die auf einen Jahresbetrag umgerechnete Lohnsteuer des ersten vollen Kalendermonats nach der Eröffnung maßgebend (§ 41a Abs. 2 Satz 4 EStG).

Lohnsteuerbescheinigung

Nach Abschluss des Lohnkontos ist die elektronische Lohnsteuerbescheinigung an die Finanzverwaltung zu übermitteln (§ 41b Abs. 1 EStG i. V. m. § 93c AO). Frist: bis zum letzten Tag des Monats Februar des Folgejahres (§ 93c Abs. 1 Nr. 1 AO).

§ 41b Abs. 1 Satz 3 EStG verpflichtet den Arbeitgeber, dem Arbeitnehmer binnen angemessener Frist einen Ausdruck der elektronischen Lohnsteuerbescheinigung zu überlassen oder sie ihm elektronisch zur Verfügung zu stellen – das sollte Ihre Software oder Ihr Prozess unterstützen.

Sozialversicherung

• Beiträge sind in voraussichtlicher Höhe spätestens am drittletzten Bankarbeitstag des Monats fällig, in dem die Beschäftigung ausgeübt wird (§ 23 Abs. 1 SGB IV). Nach § 23 Abs. 1 Satz 3 SGB IV kann der Arbeitgeber den Beitrag in Höhe des Vormonats zahlen; ein verbleibender Restbeitrag wird zum drittletzten Bankarbeitstag des Folgemonats fällig.
• Den Beitragsnachweis müssen Sie der Einzugsstelle zwei Arbeitstage vor Fälligkeit der Beiträge durch Datenübertragung übermitteln (§ 28f Abs. 3 Satz 1 SGB IV). Geschieht das nicht rechtzeitig, kann die Einzugsstelle das für die Beitragsberechnung maßgebende Arbeitsentgelt schätzen, bis der Nachweis ordnungsgemäß übermittelt ist (§ 28f Abs. 3 Satz 2 SGB IV).
• Entgeltunterlagen je Beschäftigten, nach Kalenderjahren getrennt, in deutscher Sprache, sind bis zum Ablauf des auf die letzte Betriebsprüfung folgenden Kalenderjahres aufzubewahren (§ 28f Abs. 1 SGB IV).

Software oder Ihre Prozesse müssen diese Fristen sichtbar machen – Kalender und Archiv gehören dazu.

Pflichtkriterium: ITSG-Systemprüfung

Laut ITSG dürfen für den elektronischen Datenaustausch mit der Sozialversicherung ausschließlich Entgeltabrechnungsprogramme eingesetzt werden, die eine Systemprüfung bestanden haben.

§ 28a SGB IV schreibt vor, dass Meldungen nur aus systemgeprüften Programmen oder mittels systemgeprüfter maschinell erstellter Ausfüllhilfen übermittelt werden dürfen.

Die Prüfung basiert auf den Gemeinsamen Grundsätzen nach § 22 DEÜV und wird vom ITSG-Kernteam gemeinsam mit Vertretern der Renten- und Unfallversicherung und der Bundesagentur für Arbeit durchgeführt. Sie umfasst unter anderem eine Pilotprüfung mit mindestens zwei Anwendern und jährliche Qualitätssicherung. Hersteller erhalten ein Zertifikat und eine Prod-MOD-ID (ein Jahr gültig); Meldungen aus nicht mehr gültigen Versionen werden abgewiesen. Seit 1. Januar 2022 werden auch Zeiterfassungssysteme geprüft, soweit sie den eAU-Abruf ermöglichen.

Laut ITSG bieten mehr als 100 Hersteller entsprechende Programme – eine konkrete Auswahl treffen Sie nach Betriebsgröße und Anforderungen, nicht nach dieser Zahl allein.

Weitere Auswahlkriterien (Überblick)

Mein ELSTER für Arbeitgeber

Lohnsteuer-Anmeldungen und Lohnsteuerbescheinigungen können Arbeitgeber nach den ELSTER-Informationen für Arbeitgeber kostenfrei über Mein ELSTER übermitteln. Für den ELStAM-Abruf und die authentifizierte Abgabe ist eine einmalige Registrierung in Mein ELSTER nötig. ELSTER empfiehlt Arbeitgebern die Registrierung „Für eine Organisation“ – den Ablauf beschreibt der Leitfaden ELSTER registrieren.

Integrierte Lohnsoftware nutzt dieselben Verfahren oft über ERiC, sodass Sie Meldungen aus dem Programm heraus auslösen, ohne jedes Formular manuell im Browser zu füllen.

Alternative ohne Entgeltprogramm

Das SV-Meldeportal ist eine systemgeprüfte Ausfüllhilfe nach § 95a SGB IV. Sie melden An-, Ab- und Ummeldungen sowie Beitragsnachweise – ohne dass das Portal Nettoentgelt oder Beiträge berechnet. Laut ITSG ist es kein Ersatz für Entgeltabrechnungsprogramme.

Die Lohnsteuer-Anmeldung und die elektronische Lohnsteuerbescheinigung erledigen Sie separat über Mein ELSTER. Das passt für sehr kleine Teams mit überschaubaren Fällen; bei Wachstum steigt der manuelle Aufwand.

Wann die Steuerberatung sinnvoll ist

Viele Lohnbüros und Steuerberatungen übernehmen die Entgeltabrechnung als eigenständige Leistung. Das kann sinnvoll sein, wenn Sie wenig Zeit haben, Sonderfälle (kurzfristige Beschäftigung, mehrere Standorte, Sachbezüge) auftreten oder Ihnen das nötige Fachwissen fehlt. Die rechtliche Verantwortung als Arbeitgeber für Meldungen und Entgelt bleibt bei Ihnen – Verträge und Übergaben sollten klar geregelt sein.

Praxis-Checkliste vor dem Kauf

1. Systemprüfung: Lassen Sie sich das aktuelle Zertifikat der ITSG-Systemprüfung zeigen; Programm und Version können Sie zusätzlich in der Liste „Zertifizierte Programme“ auf gkv-ag.de prüfen (dort stehen nur Programme, deren Hersteller einer Veröffentlichung zugestimmt haben). Die Prod-MOD-ID gilt ein Jahr; Meldungen aus nicht mehr gültigen Versionen werden abgewiesen.
2. Anzahl Beschäftigte, Minijobs und ELStAM-Prozess abbilden?
3. Fristen für Lohnsteuer und SV in der Oberfläche oder per Erinnerung?
4. ELSTER für Anmeldung und Jahresbescheinigung integriert oder manuell?
5. Archiv und Export für Betriebsprüfung und Buchhaltung?
6. Bei Cloud: AVV, Speicherort und Zugriffskontrolle geklärt?

Kombination mit Minijob und SV-Meldeportal

Ein Betrieb kann Minijobs über das Portal pflegen und sozialversicherungspflichtige Kräfte per Software abrechnen – oder alles in einem Programm bündeln. Wichtig ist, keine Doppelmeldungen zu erzeugen und Personengruppen korrekt zu setzen.

Kurzfassung

Lohnabrechnungssoftware für kleine Betriebe muss Lohnkonto, ELStAM, Lohnsteuer und Sozialversicherung rechtssicher abbilden und ITSG-systemgeprüft sein. Das SV-Meldeportal und Mein ELSTER sind Alternativen ohne Entgeltberechnung. Vergleichen Sie Grenzen, Fristen, Export und Datenschutz – und prüfen Sie bei steigender Komplexität eine Steuerberatung oder ein Lohnbüro. Vertiefen Sie Meldewege in den verlinkten Artikeln unter Lohn und Buchhaltung.

Wichtiger Hinweis: Dieser Artikel dient ausschließlich der allgemeinen Information und ersetzt keine Steuer- oder Rechtsberatung. Gesetze, Fristen, Preise und Funktionen von Programmen können sich jederzeit ändern; verbindlich sind allein die aktuellen Angaben von Finanzamt, Behörden und Anbieter. Für Ihren Betrieb wenden Sie sich bitte an eine Steuerberaterin oder einen Steuerberater, eine Rechtsanwältin oder einen Rechtsanwalt oder die zuständige Kammer.

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